幼くして両親を亡くし、伯父夫婦に育てられたピーター。隣家のメリー・ジェーンを好きなのに告白も出来ない、ちょっと冴えない高校3年生。親友の天才科学者の父親を紹介されます。彼はピーターの科学の才能に気づき、可愛がるようになります。そして、彼の研究室へ遊びに行ったピーターは、遺伝子組み換えでスーパースパイダーになっていたクモに噛まれ、特別な力を持つようになったのです。
その後、大切な伯父が何者かに殺されます。殺した相手に復讐しようと特別な力を使うようになるのです。それから、ピーターが成長する中で出会う悪人、悪事と闘っていく冒険ストーリーが繰り広げられます。
同時に、こうした出来事に登場する人たちとの友情や絆、また恋愛、結婚、といった日常生活も描かれています。社会背景、社会問題にも積極的に取り組み、社会悪を根絶しようと活躍します。
スーパーヒーローとしてだけではなく、パーカーの人間性やユーモラスな要素を上手く絡めて話を展開させていきます。